內(nèi)部控制審計(jì)屬于注冊(cè)會(huì)計(jì)師外部評(píng)價(jià)，內(nèi)部控制評(píng)價(jià)屬于企業(yè)董事會(huì)自我評(píng)價(jià)，兩者有著本質(zhì)的區(qū)別。

首先，兩者的責(zé)任主體不同。建立健全和有效實(shí)施內(nèi)部控制，評(píng)價(jià)內(nèi)部控制的有效性，是企業(yè)董事會(huì)的責(zé)任;在實(shí)施審計(jì)工作的基礎(chǔ)上對(duì)內(nèi)部控制的有效性發(fā)表審計(jì)意見，是注冊(cè)會(huì)計(jì)師的責(zé)任。

其次，兩者的評(píng)價(jià)目標(biāo)不同。內(nèi)部控制評(píng)價(jià)是企業(yè)董事會(huì)對(duì)各類內(nèi)部控制目標(biāo)實(shí)施的全面評(píng)價(jià);內(nèi)部控制審計(jì)是注冊(cè)會(huì)計(jì)師側(cè)重對(duì)財(cái)務(wù)報(bào)告內(nèi)部控制目標(biāo)實(shí)施的審計(jì)評(píng)價(jià)。

最后，兩者的評(píng)價(jià)結(jié)論不同。企業(yè)董事會(huì)對(duì)內(nèi)部控制整體有效性發(fā)表意見，并在內(nèi)部控制評(píng)價(jià)報(bào)告中出具內(nèi)部控制有效性結(jié)論;注冊(cè)會(huì)計(jì)師僅對(duì)財(cái)務(wù)報(bào)告內(nèi)部控制的有效性發(fā)表意見，對(duì)內(nèi)部控制審計(jì)過程中注意到的非財(cái)務(wù)報(bào)告內(nèi)部控制的重大缺陷，在內(nèi)部控制審計(jì)報(bào)告中增加“非財(cái)務(wù)報(bào)告內(nèi)部控制重大缺陷描述段”予以披露。

雖然內(nèi)部控制審計(jì)與內(nèi)部控制評(píng)價(jià)具有上述區(qū)別，但兩者往往依賴同樣的證據(jù)、遵循類似的測試方法、使用同一基準(zhǔn)日，因此也必然存在一些內(nèi)在的聯(lián)系。

在內(nèi)部控制審計(jì)過程中，注冊(cè)會(huì)計(jì)師可以根據(jù)實(shí)際情況對(duì)企業(yè)內(nèi)部控制評(píng)價(jià)工作進(jìn)行評(píng)估，判斷是否利用企業(yè)內(nèi)部審計(jì)人員、內(nèi)部控制評(píng)價(jià)人員和其他相關(guān)人員的工作以及可利用程度，從而相應(yīng)減少本應(yīng)由注冊(cè)會(huì)計(jì)師執(zhí)行的工作。